In seinem Urteil vom 27.02.2020 zu der Thematik „Integrationsprojekt als Zweckbetrieb” weißt der BFH in einer Randbemerkung darauf hin, dass der Status der anerkannten „Gemeinnützigkeit” der Tochtergesellschaft der erforderlichen Eingliederung für eine umsatzsteuerliche Organschaft entgegenstehen kann. Denn die tatsächliche Geschäftsführung der gemeinnützigen Körperschaft muss nach § 63 Abs. 1 AO auf die ausschließliche und unmittelbare Erfüllung der steuerbegünstigten Zwecke, nicht aber auf sonstige Zwecke gerichtet sein.
Sind allerdings sowohl Mehrheitsgesellschafter als auch Tochtergesellschaft steuerbegünstigte Körperschaften und verfolgen sie dieselben steuerbegünstigten Zwecke, sind Verstöße hiergegen nicht zu befürchten.
Bei dem in Rede stehenden Urteil ging es primär nicht um die Begründung einer umsatzsteuerlichen Organschaft. Zumal in dem Fall beide – der Mehrheitsgesellschafter und die Tochtergesellschaft – gemeinnützige Körperschaften waren, die dieselben steuerbegünstigten Zwecke verfolgen. In einem derartigen Fall sind aus der Randbemerkung keine Befürchtungen gerechtfertigt. Dennoch sollte der Hinweis des BFH von den Unternehmern ernst genommen werden.
Auch hier zeigt sich, dass durch die Rechtsprechung Gefahren für die Anerkennung der umsatzsteuerlichen Organschaft – auch mit Rückwirkung – entstehen. Um so wichtiger ist es hier mit den vorhandenen Mitteln (z. B. verbindliche Auskunft im Vorfeld der Begründung einer Organschaft) Rechtssicherheit zu schaffen. Hilfestellung wäre auch durch den Gesetzgeber wünschenswert, der die Regelungen zur umsatzsteuerlichen Organschaft in eine klar definierte Mehrwertsteuergruppe überführen kann und sollte.